A chacina realizada por Uchiha Itachi que destruiu todo o Clã Uchiha, ocorreu sob ordens da Vila Oculta da Folha, e que somente quatro pessoas sabiam a verdade sobre Itachi: Terceiro Hokage, Danzou, e os dois conselheiros Homura e Koharu, Madara também sabe a verdade.
Danzou e os conselheiros Homura e Koharu foram os responsáveis pela nova localização do Clã Uchiha, devido ao ataque da Kyuubi a Vila Oculta da Folha, eles sabiam que algum Uchiha havia sido responsável pelo ataque da Kyuubi, pois somente o Sharingan teria o poder de controlar o Bijuu, Sarutobi fez o possível para achar uma solução pacifica ao invés de uma retaliaçãode forma tão drástica, ele era o único do conselho principal na Vila da Folha que tentará uma conciliação com o clã, mas sem sucesso, seus conselheiros não lhe deram ouvidos e o ignoraram. A segurança foi reforçada sobre o clã, a terras do clã foram mudadas para um ponto estremo da vila. As suspeitas se tornaram fatos, os Uchihas começaram a organizar um “Golpe de Estado”. Itachi seria o espião da Vila Oculta da Folha, Danzou, Homura e Koharu decidiram que a missão final de espião de Itachi era destruir todo o Clã Uchiha, pois se um clã daquele calibre tenta-se uma rebelião, não só abalaria as fundações de Vila da Folha, mas o País do Fogo inteiro, assim as outras vilas poderiam tentar invadir e tentar tomar o controle do País do Fogo, e esse eventos causariam a Quarta Grande Guerra Ninja, após matar todo o clã, Itachi deveria fugir e viver como um criminoso, mas Itachi falhou nesta missão, pois deixou somente seu irmão mais novo vivo, Sasuke Uchiha. Antes de fugir, Itachi intimou Danzou, dizendo que se tentasse algo com seu irmão menor, falaria tudo que há para saber sobre Vila da Folha aos outros países ninjas.